PKR的dsRBD能够与5′端三磷酸 的单链RNA结合并引起PKR的活化,但其研究并没 有排除这种结合是否有链接区的参与 。MAYO 等最新研究认为,PKR与单链RNA的结合是由于 链接区有一段富含碱性氨基酸的 Basic Region 的作 用。富含碱性氨基酸的区域带较多正电荷,能够与 单链 RNA 带负电荷的磷酸基团结合,并由此促进 KD的二聚化和活化。Taq DNA 聚合酶、Prime⁃ star DNA 聚合酶、dNTP、限制性内切酶(Xho I 和 EcoR I)、DL2000 Marker 购于 TaKaRa 公司;琼脂糖 (Agarose)、无水乙醇、异丙醇、DEPC(焦碳酸二乙 酯)均购于上海生工生物工程有限责任公司。RNA 提取试剂盒和反转录试剂盒均购于 TaKaRa 公司。 美国ABI公司PCR仪、美国Thermo公司微型高速离 心 机 、上 海 博 迅 立 式 压 力 蒸 汽 灭 菌 器(XQ-LS100G)、苏州净化超净工作台(SW-CJ-ED)、杭州奥 盛三联多用途金属浴、上海天能EPS300电泳仪等。
在斑马鱼基因组内,虽然同时存在等位基因 ZPKRa(基因登录号:AM421526. 1)和 ZPKRb(基因 登录号:AM421527. 1),但两者的核苷酸序列相差很 小,氨基酸序列则只有5个氨基酸的差异,且都不在 关键的位点 。除此之外,本研究发现斑马鱼细胞 内 还 同 时 存 在 ZPKR 和 ZPKRV(基 因 登 录 号 : MH425504. 1)两种不同结构的PKR的表达,ZPKRV 仅仅在链接区缺失28个氨基酸残基,其中包含缺失 链接区内的功能模体碱性区。斑马鱼体内这2种PKR的转 录表达,其翻译表达的产物将在刺激后24 h共存于细 胞内,通过显性的负效应,可能减弱其PKR上调后对 蛋白翻译的抑制作用。事实上,qPCR结果显示, 在Poly I:C刺激后的24 h,ZPKRV表达达到峰值,并 且 ZPKR和 ZPKRV的比值最小,为 3. 08。这时两者 的相互作用产生的显性负效应最大,对蛋白翻译抑制 作用最小。